常见的肛门直肠病有：内痔（I、II、III期）、嵌顿性内痔、外痔（血栓性、炎性、结缔组织型、静脉曲张型）、混合痔（环状）、肛周脓肿（直肠粘膜下脓肿）、肛瘘（皮下瘘、盲瘘、直肠粘膜下瘘、高位瘘、多发性瘘、马蹄形瘘、直肠会阴瘘、直肠阴道瘘）、肛裂、肛管直肠狭窄、肛管直肠粘膜脱垂、肛管直肠息肉、肛乳头肥大、肛窦炎。

结肠病有溃疡性结肠炎、结肠息肉、结肠憩室炎、结肠肿瘤等。

此外，如肛门湿疹、肛门瘙痒症、尖锐湿疣、各种先天性肛门直肠畸形、便秘（慢传输型、直肠排空障碍型）也属于肛肠疾病范围。